本书以1593年金陵本为底本, 以1603年夏良心、张鼎思序刊的江西本、1885年张绍棠味古斋校刻本为主校本, 包括本草纲目水部、本草纲目火部、本草纲目金石部、本草纲目石部、本草纲目草部等内容。
《本草纲目（金陵本）上册》
本草纲目序
辑书姓氏
本草纲目总目
凡例
正文
本草纲目第一卷目录
本草纲目卷之一
序例上
历代诸家本草
引据古今医家书目
引据古今经史百家书目
采集诸家本草药品总数
神农本经名例
《本草纲目（金陵本）上册》
本草纲目序
辑书姓氏
本草纲目总目
凡例
正文
本草纲目第一卷目录
本草纲目卷之一
序例上
历代诸家本草
引据古今医家书目
引据古今经史百家书目
采集诸家本草药品总数
神农本经名例
陶隐居名医别录合药分剂法则
采药分六气岁物
七方
十剂
气味阴阳
五味宜忌
五味偏胜
标本阴阳
升降浮沉
四时用药例
五运六淫用药式
六腑六脏用药气味补泻
五脏五味补泻
脏腑虚实标本用药式
引经报使
本草纲目第二卷
本草纲目序例第二卷
序例下
药名同异
相须相使相畏相恶诸药
相反诸药
服药食忌
妊娠禁忌
饮食禁忌
李东垣随证用药凡例
陈藏器诸虚用药凡例
张子和汗吐下三法
病有八要六失六不治
药对岁物药品
神农本草经目录
宋本草旧目录
本草纲目第三卷目录
本草纲目第三卷
百病主治药上
诸风
痉风
项强
癫痫
卒厥
伤寒热病
瘟疫
暑
湿
火热
诸气
痰饮
脾胃
吞酸嘈杂
噎膈
反胃
呕吐
哕畹
呃逆
霍乱
泄泻
痢
疟
心下痞满
胀满
诸肿
黄疸
脚气
痿
转筋
喘逆
咳嗽
肺痿肺痈
虚损
瘵疰
邪祟
寒热
吐血衄血
齿衄
血汗
咳嗽血
诸汗
怔忡
健忘
惊悸
狂惑
烦躁
不眠
多眠
消渴
遗精梦泄
赤白浊
癃淋
溲数遗尿
小便血
阴痿
强中
囊痒
大便燥结
脱肛
痔漏
下血
瘀血
积聚癥瘕
诸虫
肠鸣
心腹痛
胁痛
腰痛
疝<疒贵>
本草纲目第四卷
本草纲目第四卷
百病主治药下
痛风
头痛
眩运
眼目
耳
面
鼻
唇
口舌
咽喉
音声
牙齿
须发
胡臭
丹毒
……
本草纲目水部目录第五卷
本草纲目火部目录第六卷
本草纲目土部目录第七卷
本草纲目金石部目录第八卷
本草纲目石部目录第九卷
本草纲目石部第十卷
本草纲目石部目录第十一卷
本草纲目草部目录第十二卷
本草纲目草部目录第十三卷
本草纲目草部目录第十四卷
本草纲目草部第十五卷
本草纲目草部第十六卷
本草纲目草部目录第十七卷
本草纲目草部目录第十八卷
本草纲目草部目录第十九卷
本草纲目草部目录第二十卷
本草纲目草部目录第二十一卷
《本草纲目（金陵本）下册》
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